La zona arqueológica está a 8 kilómetros del pueblo de Santo Domingo de Palenque, unida al mismo por una carretera que comienza en la estación del ferrocarril. La región atravesada por el río Usumacinta y sus afluentes estaba dividida en varias ciudades-estado, entre las que destacan Palenque, Toniná, Yaxchilán, Comalcalco y Piedras Negras. Palenque se acerca al límite occidental del área maya y su florecimiento como el de los demás centros de la región del Usumacinta se sitúa en el periodo Clásico Tardío (siglos VII a IX) aunque se han encontrado vestigios cerámicos del Preclásico que nos permite suponer que por lo menos hacia el 400 A.C., ya existían pobladores, en lo que sería más tarde el centro ceremonial.